牙周病治療的目標在於希望把牙周病治療略分為非手術治療和手術治療，首要的目的都是在清除牙菌斑和結石，控制牙齦發炎及齒槽骨破壞的狀況。

非手術治療指的是用機器和器械清除牙菌斑和牙結石。除了靠專業的超音波洗牙外，結石程度較嚴重的病人，醫師也會先上麻醉藥，再用刮子深入牙齦下方刮除囊袋內以及牙根表面的結石（牙根整平術）。

結石的部位太深，例如深及囊袋底或牙根，就需先用牙齦翻瓣手術，將受感染的牙齒牙齦掀開，等清潔完畢，再將牙齦縫合。

其他治療的方法還有牙根切除術、牙冠延長術、整型手術等等。